衣原体感染后，女性患者主要表现为尿道炎和（或）生殖道衣原体感染。
衣原体尿道炎的致病菌以沙眼衣原体为主，是一种非淋球菌性尿道炎，临床上可见尿频、尿急、尿痛、排尿困难等症状。
生殖道衣原体感染，以外阴和阴道瘙痒为主症，阴道有不正常分泌物和气味、下腹部不舒服等，严重的会导致女性盆腔炎、输卵管炎等疾病。