女性衣原体感染有微的瘙痒和刺痛症状。
绝大部分的病人在感染后没有明显的不适，只有很少的病人会出现轻微的瘙痒和刺痛。衣原体在呼吸道中的症状与支原体肺炎类似，症状较轻，发热，寒战，非胸膜炎症性胸痛，头痛和疲倦。咽喉痛、吞咽困难、声音嘶哑是咽喉炎症的主要症状。如果是尿路上的衣原体感染，会有尿路上的不适，比如会有溢尿，会有尿液从尿路中排出来，导致尿路阻塞，导致排尿不顺畅或者是排尿困难。