衣原体在不同部位侵染，诱发不同疾病，例如衣原体肺炎、沙眼衣原体、鹦鹉热等，继而出现不同的病症。
肺炎衣原体感染起病时有明显发热，还有全身不适、咽痛及声音嘶哑等不适症状。沙眼衣原体感染可能会引发结膜炎、眼部有分泌物、充血等不适症状。鹦鹉热常表现出非典型性的肺炎，出现高热、寒战、咳嗽等不适症状。