衣原体感染时，大部分病人没有什么不适，个别病人局部会出现轻微的瘙痒刺痛。
衣原体感染的呼吸道症状和支原体肺炎颇类似，表现为症状轻微，发热畏寒、非胸膜炎胸痛、头痛不适，疲乏无力。出现咽喉炎的症状有咽喉痛，吞咽困难，声音嘶哑等。
衣原体感染出现于尿道内，可有不舒服的尿道表现，可有溢尿、分泌物从尿道流出、尿道阻塞等，排尿不畅或者出现排尿困难等表现。