一般情况下，龟头冠沟有小疙瘩、疼可能是珍珠状丘疹、尖锐湿疣等原因引起的。具体内容如下：
1.珍珠状丘疹：珍珠状丘疹是以阴茎冠状边缘和冠状沟出现珍珠状、半透明丘疹为特征的皮肤病，多与包皮过长、卫生不良等因素有关，可能会导致患者龟头冠沟有小疙瘩、疼。
2.尖锐湿疣：尖锐湿疣一般是由人乳头瘤病毒感染引起的常见性传播疾病，常表现为生殖器及周围皮肤上出现丘疹、斑块等症状，可能会导致患者龟头冠沟有小疙瘩、疼。