根据性别不同，沙眼衣原体造成的症状，有所差异。
1、男性：主要表现为沙眼衣原体尿道炎，常见的症状有尿道瘙痒，刺痛，小便疼痛，尿道不适；以尿道黏液或者黏液脓性分泌物为特征。
2、妇女感染：主要表现为沙眼衣原体宫颈炎，多数女性宫颈感染没有任何症状，出现症状后，会有阴道分泌物影长，呈脓性，查体见宫颈充血水肿糜烂，可有月经期非月经期，也可在性交结束时流血。