如果孕妇在孕期被沙原衣原体传染，那么会造成胎儿的流产，甚至是畸形，患者可以通过药物治疗、生活护理来改善。
怀孕时出现的沙眼衣原体感染，需要做药敏试验，选择敏感的药物。若无法进行药物敏感试验，则应采用阿奇霉素进行临床试验，以解决衣原体感染。至于像是红霉素和左氧氟沙星这样的药物，一般都不能在怀孕的时候服用，否则会导致孩子出现畸形。