妊娠40天内发生流产的原因有以下几点：
1.妊娠40天是胎儿刚刚着床，在此期间，如果出现剧烈运动、过度劳累、精神压力大、同房等因素，都有可能导致流产。
2.怀孕40天后，胎儿发育不全，很有可能会导致流产。
3.如果女性在孕期压力过大，或者是心情低落，那么就会出现妊娠40天的流产。
4.怀孕初期，如果不注意饮食，或暴露于有毒物质，怀孕40天后可能会出现流产。