功能性消化不良与消化性溃疡的鉴别可从原因出发，临床上腹痛综合征和餐后不适综合征是功能性消化不良的主要原因。餐后不适综合征主要表现为进食后上腹部不适、腹痛，可能与进食有关。这类患者主要通过胃镜进行鉴别。对于功能性消化不良患者，胃镜检查一般不会出现异常，也不会提示慢性胃炎。功能性消化不良患者服用胃药效果要比消化性溃疡好。而消化性溃疡可通过胃镜作出明确诊断。