甲状腺炎是一组以甲状腺炎症为共同特征的疾病，其主要表现为甲状腺功能亢进和甲状腺功能减退，因此首选就诊科室为内分泌科。
甲状腺炎患者大部分主要表现为暂时性甲状腺功能亢进或甲状腺功能减退，主要在内分泌科治疗。部分患者伴全身性自身免疫性疾病，或甲状腺症状本身是全身自身免疫性疾病的一部分，也可在风湿免疫科急诊辅助内分泌治疗。部分患者甲状腺肿块明显或有压迫症状，需治疗手术，可在头颈外科或甲状腺专科就诊，辅助内分泌治疗。部分细菌性甲状腺炎感染症状明显，甲功正常，可就诊外科进行抗感染治疗。因此甲状腺炎患者自身免疫性最多，首选内分泌科治疗，必要时可去头颈外科、风湿免疫、甲状腺专科就诊。