甲状腺炎的治疗方法，必须根据病因进行选择。
自身免疫性甲状腺炎目前没有明确的治疗手段。亚急性甲状腺炎可给予对症治疗的非甾体类抗炎药或激素类药物。甲状腺炎的病因不同，甲状腺炎的治疗，必须根据不同的病因选择。对于自身免疫性甲状腺炎，这一炎症是一个非常漫长的过程，目前尚无明确的治疗手段，所有治疗都针对炎症结果，而不是炎症本身。如果炎症没有明显的发热、颈部疼痛，最终炎症破坏会释放甲状腺激素到血中，产生甲状腺功能亢进症，但甲状腺功能亢进症可能是一个短暂的过程。最终炎症破坏后，大多数患者最终处于甲状腺功能下降的状态。