亚急性感染性心内膜炎的治疗方法主要有药物治疗和手术治疗。
亚急性感染性心内膜炎一旦确诊，早期应用足量的敏感抗生素是必要的，对患者全身症状或并发症的治疗也是必要的。
近几年还有外科手术。其主要治疗方法是使用靶向抗生素杀灭病原微生物。前期经验用药，后期要根据致病菌来调整。
治疗后体温恢复正常、脾脏缩小、症状消失者，在抗生素治疗结束后第1、2、6周进行血培养治疗。如果临床无复发，血培养阴性，可考虑治愈。