通常情况下，亚急性感染性心内膜炎是由细菌、霉菌及其它微生物所致。在进行抗生素治疗的时候，要注意进行细菌培养，选用敏感的抗菌药物。
对于亚急性感染性心内膜炎，如果使用抗生素无效，可以选择两种敏感的抗生素，例如氨基糖苷类和青霉素，或者连续口服头孢曲松片进行治疗，可以对草绿色链球菌的心内膜炎有很好的疗效。