卵巢囊肿手术后遗症有，卵巢功能减退，卵巢早衰的出现。因为卵巢囊肿是生长在卵巢之内，手术剥除的过程会对卵巢的皮质造成影响，会影响到卵巢的功能，手术过程中不注意保护卵巢组织将正常的卵巢组织破坏太多，或切除的太多，术后容易引起卵巢早衰，需要检查性激素六项来判断。卵巢手术后盆腔粘连的，在恢复的过程中容易出现卵巢创面与大网膜或肠道组织相粘连。