胎儿卵巢囊肿有后遗症需要根据个人情况决定。
卵巢囊肿较小的一般是不会对胎儿造成太大影响，也不会遗留下后遗症。但对于卵巢当中比较大的就有可能引起先兆性流产和阴道不规则流血，也会对胎儿产生压迫，不利于胎儿的正常生长和发育，造成骨骼畸形或者生长发育迟缓、早产等症状。
在怀孕期间需要定期到医院做腹部彩超检查，观察胎儿的发育情况和肿瘤的生长速度，并且要多吃一些高营养和高蛋白的食物促进胎儿发育和生长。