新生儿卵巢囊肿剔除术并不一定会留下后遗症。
新生儿在做完卵巢囊肿剔除手术之后，并不会留下后遗症，而且也不会对孩子的正常发育带来影响。但是在做完手术之后可能会出现感染或者是发炎的情况，主要是由于新生儿的身体器官没有发育完善，而且没有修复能力所引起的。
新生儿在做完手术之后一定需要及时的到医院做检查。如果出现了感染或者是发炎的情况，就需要在专业医师的指导下服用药物或者是静脉注射药物进行治疗。