一般没有“生殖传染性软疣怎么治疗最好”的说法，患者可以通过药物治疗、物理治疗等方式进行治疗。
1、药物治疗：患者可以在医生指导下使用氟尿嘧啶乳膏、重组人干扰素α2b注射液等药物进行治疗。
2、物理治疗：患者可以通过冷冻治疗、光动力治疗等物理方式进行治疗。
治疗期间，患者应该避免同房，衣物药分开清洗。