传染性软疣通常没有最好的药，药物治疗方面可以使用阿昔洛韦片、碘酊、苯酚等。
遵医嘱服用阿昔洛韦片对传染性软疣病毒的治疗有效。也可以用镊子挤出损伤中心乳酪状物质，然后用牙签蘸上酚或碘酊滴在挤空损伤处，一星期左右可愈合。如损伤为小丘疹，可用牙签蘸上少许苯酚，需要2~3天后再少许涂抹，通常经过10多天即可治愈。