目前尚无针对性治疗传染性软疣药物，如西多福韦软膏和咪喹莫特乳膏均能起到一定的治疗作用，但其具体作用个体差异较大。
临床上对传染性软疣的治疗主要以物理疗法为主，药物治疗由于作用缓慢，且尚无明确针对传染性软疣的治疗药物而较少使用。但是抗病毒药物、免疫调节剂和其他外用药物能起到一定的治疗作用。