常可以外用肽丁胺软膏、咪喹莫特乳膏、5%5-氟尿嘧啶乳膏等，都有很好的治疗效果。
除使用以上药膏以外，还可用小镊子夹住受损软疣小体，将其挤出或挑出，然后点入浓石炭酸或三氯醋酸，并按压止血。如果疣体较小且分布广泛，可涂上10%碘酊，每天2-3次，平时患者应对使用过衣服或用具进行消毒。