腱鞘囊肿的治疗方法有非外科治疗、外科疗法等。
1.非外科治疗：尽管对肌腱鞘囊肿的术后复发有很高的复发，但是这种手术损伤最少，容易被病人所接受，是临床上的第一选择。可以用压迫法将腱鞘囊肿撕裂，慢慢的吸收，但在处理后会出现反复。与关节腔相连的不易断裂，可用针刺取囊内液体，再进行挤压，或取出囊内液体。
2.外科疗法：如果没有其它的治疗手段，可以通过外科手术将其去除。为了防止疾病的再次发作，手术时要尽量减少剧烈的运动。
需要注意的是，少数腱鞘囊肿可自行消退，但也有部分患者经多种方法治疗，仍反复发作。