怀孕40天，如果没有药物流产的禁忌，选择药物流产要比人工流产手术好。怀孕40天左右孕囊大小在1.0-2.0cm左右，做药物流产时成功的几率非常高。而且药物流产不需要进行宫腔的操作，就不会出现因为宫腔操作而导致的感染、子宫内膜的过度损伤、穿孔等各种并发症，相比较对身体损伤是非常小的。