怀孕空囊是胚胎染色体发育异常导致的，染色体异常包括数目异常和结构异常，常见的染色体数目异常有13三体，16三体，18三体，21三体，22三体，其次为x单体，结构异常包括由平衡易位，倒置，缺失和重叠及嵌合体等，另外母体患全身性疾病，如严重高热，严重贫血，心力衰竭，子宫畸形，内分泌异常，如黄体功能不全，高催乳素血症，多囊卵巢综合症等也会导致空囊发生。