怀孕空囊一般是胚胎染色体发育异常导致的，染色体异常包括数目异常和结构异常，常见的染色体数目异常有13三体，16三体，18三体，21三体，22三体，其次为x单体，另外母亲患全身性疾病，如严重高热，严重贫血，心力衰竭，子宫畸形，内分泌异常，如黄体功能不全，高催乳素血症，多囊卵巢综合症等也会导致空囊发生。