桥本氏甲状腺炎的病理学变化主要表现为间质中的淋巴细胞侵犯和滤泡上皮细胞的嗜酸性损害，淋巴结细胞的渗入和渗出的数量不等。
桥本氏甲状腺炎在显微镜下通常会形成一个带有生发中心的淋巴滤泡，同时还伴随着浆细胞、组织细胞、免疫母细胞、多核巨细胞的侵袭，这种情况比较严重，会出现与淋巴瘤相似的情况，如：甲状腺滤泡被破坏，胶质减少或缺失，细胞细胞增殖，细胞增殖，或出现鳞状化生，从而出现鳞状细胞窝，滤泡上皮嗜酸性变，细胞核扩大，没有核分裂，小叶的组织依然保留，细胞性嗜酸性细胞和明显的上皮混合液。