甲状腺功能对于新生儿大脑发育及体格都很重要，尤其是脑发育，因此新生儿甲状腺功能减低症需早期发现早期治疗以最大限度地减少后遗症。
新生儿甲减可分为暂时性甲减及永久性甲减，暂时性甲减主要因母亲的影响、新生儿疾病及早产儿中枢发育延迟所致，经过数月的治疗新生儿本身甲状腺功能将逐步恢复并可逐步停药，多数甲减属于暂时性甲减，永久性甲减以甲状腺缺如、移位及酶缺陷为主，需终身用药，且永久性甲减发生率较低，因此若确诊甲减需寻找病因。