新生儿甲状腺功能减退不能自行恢复。这种情况是由于新生儿甲状腺功能减退，影响体内甲状腺激素的分泌。如果不及时治疗，会影响孩子身体和大脑的正常发育。因此，必须及时口服甲状腺激素进行治疗，使甲状腺激素恢复到正常范围内。只有经过治疗，甲状腺机能减退才能治愈。同时，一旦发现这种疾病，就应该及时、及早地进行治疗。