亚急性甲状腺炎一般不影响生育，大部分都能治愈。
但也有少数亚急性甲状腺炎的病人会出现甲减症状，同时伴有甲减也会对生育造成一定的影响。亚急性甲状腺炎分为三个阶段，初期表现为甲亢、中期临床缓解，后期会出现甲减，甲亢和甲减都会对生育造成一定的影响。亚急性甲状腺炎的急性期不宜备孕，因为甲亢一般会有一定的症状。
亚急性甲亢到甲减的时候，可以选择终生服用甲状腺素片。