临床上确诊桥本氏甲状腺炎的主要依据就是细针穿刺细胞术。
不过，由于细针穿刺细胞学检查属于有创伤性的检测，成本相对于其它的检测手段要高，并且会给病人带来很大的疼痛，从而导致出现更大的副作用。因此，桥本甲状腺炎的病人，要做出诊断，不仅要根据病人的体征和症状，还要根据病人的血液中的甲状腺有关的抗体水平来做出诊断。