胎儿脑积水主要的原因是：基因突变导致的。特别是在怀孕期间，孕妇所处的环境受辐射比较强，或者经常接触化学性的物质，这些不良因素会导致胎儿基因突变发生脑部发育不良，导致脑积水。还有因为怀孕期间母体有病毒和病菌感染，病毒或者细菌间接传给胎儿，影响大脑发育从而导致脑积水。