脑脓肿手术属于大手术。
如果出现了脑脓肿包膜没有形成，可以通过使用抗生素和降颅内压力的药物来进行治疗，如果出现了脑脓肿包膜，则需要进行外科手术。对于包膜较好，部位较浅，且已不是很关键的区域，重复穿刺抽脓无效或无法根治的脓肿，尤其是小脑脓疡，应尽早进行手术。
其次是脑脓疡、外伤性脑脓疡，如果脑脓肿内有碎屑和异物，如果脑脓肿破裂到了脑室或蜘蛛网膜下腔，需要进行紧急手术。脑疝和脑疝患者出现急疹时，要先抽脓，然后进行去骨减压，然后进行开颅术，如果出现脑脓肿，需要进行外科治疗。