免疫性脑炎治愈率通常为80%。
自身免疫性脑炎，临床上轻症80%预后良好，特别是重症或者合并症较多的患者会出现后遗症，常见的后遗症有精神症状和癫痫发作，并不是所有重症患者都有后遗症。临床上曾有重症患者在ICU重症监护室住院3-4个月后出现畸胎瘤，临床上可以通过手术切除畸胎瘤，经免疫治疗后恢复良好。自身免疫性脑炎如果治疗及时，预后良好，治疗本身性脑炎需要医生耐心和坚持，患者和家属配合，病情一定会好转。要避免褥疮，激素治疗是首选药物，如果治疗无效，可以考虑免疫球蛋白治疗。