对于长期的胆汁反流胃炎，应在医师的建议下服用莫沙必利、多潘立酮等促进胃动力的药物，并配合口服胃粘膜保护剂，配合铝碳酸镁等胆盐类的药物，如胃酸过量，应给予抑制，若有胃酸过多，应积极给予抑制，若药物无效，应立即进行外科治疗，常用的是胆道分流术等。
此外，胆汁反流胃炎患者日常生活中要多以清淡为主，少食辛辣，有助于改善患者的不适症状。