及时发现菌群紊乱是正确、有效的治疗的先决条件。细菌病的诊断由以下三个方面组成：
1、有无菌状态；
2、菌群失调；
3、引起菌群紊乱。
菌群紊乱的病人，往往会出现严重的痢疾或长期的痢疾，在使用抗生素时，如果出现了腹泻，或者本来的腹泻情况更加严重，就有可能是菌群失调。
菌群失调可以分为三个级别：
轻度（轻度）是一种可逆性的轻度菌群失调，在排除病因后，病情会逐渐好转，症状也会逐渐消失。
Ⅱ级（中等）菌群紊乱严重，清除原因往往无法复原，且多有慢性肠炎；
中度（重度）菌群失调，主要表现为细菌的交替和二次感染。通过对粪便特征的全面的分析，可以发现志贺菌、沙门菌、空肠弯曲菌、艰难梭菌、轮状病毒等具有特异性的诱发因素。