甲状腺疾病大部分是在特定遗传背景下病毒感染和自身免疫功能障碍引起的。
感染的病毒与甲状腺有特异性亲和力，在甲状腺组织部分引起自身免疫反应，这种自身免疫反应会导致甲状腺组织的破坏，或将过多的甲状腺激素释放到血液循环中，诱发甲状腺或破坏甲状腺后，不能满足生理要求的甲状腺激素会导致甲状腺减少，部分患者会使甲状腺炎恢复正常，后者大部分是良性的，5-10%可能发展为恶性。