根据甲状腺疾病的类型，原因也不同。
患者发生甲状腺癌时，涉及甲状腺有辐射障碍、碘摄入不足、基因突变等多种因素，这些因素可一起引起甲状腺癌。患者发生结节性甲状腺肿，又称单纯性甲状腺肿，一般体内甲状腺激素缺乏，甲状腺激素缺乏可刺激甲状腺组织增生，形成结节性甲状腺肿。患者发生亚急性甲状腺炎，通常由病毒感染引起。患者发生桥本病，原因是自身免疫功能紊乱。因此，一旦出现甲状腺疾病，就必须针对每种甲状腺疾病找出原因，并进行相应的治疗。