桥本氏甲状腺炎是一种自身免疫性疾病，可导致原发性甲状腺功能减退，治疗方法涵盖两个部分：
第一、进行免疫调节的治疗。比较常用的药物是硒酵母，该药主要调节甲状腺细胞免疫。部分患者可降低甲状腺球蛋白抗体和甲状腺过氧化物酶抗体水平，减少甲状腺对细胞的损伤。
第二、对于已经合并甲状腺功能减退的患者，还需要口服优甲乐替代治疗，药物可以充分补充体内缺失的甲状腺激素，使甲状腺功能恢复正常水平。