亚临床甲状腺功能减退，原因大致可分为以下4类：
1、原发性甲状腺功能减退。它约占亚临床甲减的96%。
2、继发性甲状腺功能减退。这种情况很少见，主要是由于垂体性疾病导致促甲状腺激素分泌减少。
3、下丘脑性甲状腺功能减退。它主要由下丘脑产生的促甲状腺激素释放激素减少，垂体促甲状腺激素分泌减少引起。
4、外周对甲状腺激素作用的抵抗。甲状腺激素通过核受体发挥生物学效应，与受体的缺乏、t3、t4与受体的结合障碍，以及受体后缺陷，都可能引起外周抵抗甲状腺激素作用，引起甲状腺功能减退。