本病是多种因素所致，故其治疗应根据临床表现采取综合措施，主要包括：1.胃动力药物的应用。以下药物可供选用：（1）吗丁啉（又名多潘力酮）。此药能增强胃蠕动，促进胃排空，加大胃幽门口舒张直径，调节恢复胃肠道正常活动，使食物顺利进入小肠，因此对消除症状十分有利。常用量每次10毫克，每日4次，饭前15—30分钟及睡前服。（2）普瑞博思（又名西沙必利）。此药是新一代胃动力药，其作用与吗丁啉同，但效力要大3—4倍。普遍认为，此药是目前治疗胃肠动力障碍的首选药物。（3）胃复安（又名灭吐灵）。是一种较老的胃动力药，在无以上两种药时，亦可应用此药。
　　2.抗幽门螺杆菌感染治疗。三联疗法是目前用于根治幽门螺杆菌的常规治疗方法，此法两周治疗细菌清除率高达70％—90％。三联药物是指胶体次枸橼酸铋（又名德诺）加以下药物中的两种：阿莫西林、甲硝唑、四环素、红霉素。
　　3.应用精神调节药。阿米普林、安定、谷维素、芬那露、柏子养心丸等药，可选择应用。
　　4.对症治疗。上腹痛可用溴必利、普鲁本辛、654—Ⅱ片、阿托品等；腹胀可用二甲基硅油或消胀片；呕吐可用维生素B6或吐来抗；烧心、反酸可用胃舒平、雷尼替丁、法莫替丁、洛赛克等；嗳气、消化不良可用胃蛋白酶、多酶片、胰酶片、乳酶生和香砂养胃丸等。
　　非溃疡性消化不良短时间内虽较难彻底治愈，但绝没有严重的不良后果。因此，当得知自己罹患此病时，一是不要惊恐和紧张，二是要积极配合医生，耐心坚持正规治疗，就一定能治愈。