疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。

小儿疱疹性咽峡炎的症状可能会有以下症状：
疱疹性咽峡炎是由肠道病毒感染引起的急性上呼吸道感染性疾病，具有传染性，好发于6岁以下学龄前儿童，起病急，常出现发热、咽痛、口痛、咽峡部疱疹等症状，通常以对症治疗为主。但个别患者可能出现脑炎、心肌炎等严重并发症，甚至导致死亡。
该病为自限性疾病，多数患者可自行痊愈，预后良好。

一般情况下，疱疹性咽峡炎与手足口病区别主要有症状不同、发病部位不同等。
1.疱疹性咽峡炎：主要是由上呼吸道的急性炎症引起的，也可以是单个的，突然的高烧可以达到40度，伴有咽痛、食欲差、不吃东西等症状，在悬雍垂、软腭、咽腭弓区都会出现几个或几十个灰色的小疱疹。另外，也可能是在口腔的其它地方，疱疹破溃就会形成溃疡。
2.手足口病：症状为低热、咽痛、食欲差、口唇上有散在的疱疹和溃疡，手足、手臂、腿、臀部等部位会有皮疹，个别儿童会有严重的全身症状。

疱疹性咽峡炎和手足口病主要区别在于临床表现不一样。疱疹性咽峡炎主要是肠道病毒感染，临床常表现为高热，口腔咽峡部出现很多疱疹，常伴随有剧烈的咽部疼痛，吞咽困难，进食比较困难，流口水也增多。而手足口病主要发生于夏季，也是由肠道病毒感染所导致，常表现为手、足、臀部等部位的皮疹。

疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。

手足口病和疱疹性咽峡炎的区别是感染的病毒不同，手足口病是由柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒71型感染导致，疱疹性咽峡炎是由单纯疱疹病毒感染所导致；手足口病的主要临床表现是手、足、口腔等皮肤黏膜皮疹及疱疹，疱疹性咽峡炎主要临床表现是口腔黏膜数目较多的、薄壁透明的疱疹。

疱疹性咽颊炎，手足口病，这属于是病毒感染导致的，出现的时候，需要及时的采取抗病毒的治疗方式，可以吃利巴韦林，在这期间还应该注意监测体温，因为病毒性感染会容易导致发烧的现象，如果体温超过38.5度的时候应该及时的用退烧的药物治疗，如果体温没有超过38.5度之前可以采取物理降温，用温水擦或者洗温水澡。

疱疹性咽峡炎可有咽痛，发热，咳嗽，检查可见咽部疱疹，抗炎抗病毒治疗有效，初选哮鸣音考虑初选支气管哮喘或者喘息性支气管炎可能，需要雾化吸入治疗，还需坚持输液治疗，去医院进一步检查，明确病情，合理治疗，做好护理，避免出现喘憋。

疱疹性咽峡炎的症状多以咽喉疼痛、口腔疱疹为主，多发于患儿的口腔后部，而手足口病则多以发热、食欲不振、疱疹或溃疡为表现，可累及于手、足、臀等多个部位，两者症状较易区分。

疱疹性咽峡炎症状有很多，在起病时会出现高热、咽喉肿痛以及流诞等症状，并且在随着病情持续加重后，会导致厌食、情绪烦躁、吞咽障碍、精神萎靡等表现，所以在发病期间会导致身体出现明显的不适。