肛周囊肿症状主要表现为疼痛，根据脓肿位置不同，表现也有所不同。盆膈肌下方脓肿位置较浅，疼痛较重且为跳痛，影响行走和下坐。盆膈肌上方脓肿位置较深、疼痛较轻，多为胀痛。排便时疼痛加剧，可伴排尿困难。肛周囊肿症状还表现为寒战、发热、头痛、周身不适、脉速等。