流脓是肛瘘的主要症状，脓液多少与瘘管长短和多少有关；疼痛，瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重，当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛；瘙痒，脓液不断刺激肛周皮肤引起；急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。