肛瘘必须通过手术才能治疗。肛瘘有一个内口，一个外口，内外口之间还有一个瘘管。手术时要处理好内口，还需要完整地分离出内外口之间的瘘管，这样才能彻底治疗肛瘘。当然部分肛瘘的内口处于高位，或者瘘管比较复杂，且并未经常发作，不常出现炎症，因为做切除手术切除组织较多。