肉眼检查：可见肛周皮肤有一个或多个瘘口，外口可有外突的肉芽组织，浅表肛瘘在内外口之间可摸到条索状物，挤压有脓性物排出；探针检查：由皮肤瘘口伸入探针，可与肛诊的手指接触，确定内口的位置；染色检查：经瘘口注入美蓝，预置于肛门内的纱布染蓝，以确定内口的位置；瘘口碘油选影：了解瘘管的走向与范围；纤维结肠镜检：对因克隆病、溃疡性结肠炎所致的瘘管，有诊断意义；病理诊断：排除某些瘘或瘘管恶性变。