复杂肛瘘不能自愈，手术治疗是治疗复杂肛瘘的较好方法，但在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。复杂性肛瘘是指有2个或以上内口或外口，有2条以上瘘管或支管、盲管的肛瘘。复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，因其发病的原因和形式多样。