肛瘘按它的位置和复杂程度划分，可分为四种类型。分别是单纯低位肛瘘，复杂低位肛瘘，单纯高位肛瘘，复杂高位肛瘘。单纯低位肛瘘只有一根瘘管，且这根瘘管的走行是位于肛管直肠环以下，也只有一个内口和一个外口。复杂低位肛瘘则有两条或两条以上的瘘管，但是瘘管走行也是位于肛管直肠环以下，有两个以上的外口或者内口。