一共分为四类。第一，括约肌间肛瘘，大部分为低位肛瘘约占到70%，第二，经括约肌肛瘘，可以是低位或者是高位肛瘘，瘘管穿过肛门内外括约肌，位置比较高，内口也是在齿状线，外口经常不止一个。第三，括约肌上瘘，为高位肛瘘，比较少见，瘘管向上穿过肛提肌，达到肛管直肠环以上水平。第四，括约肌外肛瘘，瘘管穿过肛提肌，直接与直肠相通。这种肛瘘，大部分是由克罗恩病，肠癌或者外伤所致。