溃疡性结肠炎的病因至今仍不明。基因因素可能具有一定地位。心理因素在疾病恶化中具有重要地位，原来存在的病态精神如抑郁或社会距离在结肠切除术后明显改善。有认为溃疡性结肠炎是一种自身免疫性疾病。可以选择MHR免疫疗法，此疗法针对肠炎疾病，MHR免疫重组疗法可改善肠腔窄狭。