如果是在前牙区且囊肿比较小，一进行根管治疗，然后通过手术切开翻瓣暴露囊肿，进行囊肿切除，同时去除囊肿内的根尖部分。再进行倒根充和封闭根尖孔，防止囊肿复发，也防止牙髓腔内再次感染。如果是残根引起的囊肿，或者囊肿比较大，已经无法保留引起囊肿的牙齿，需要在手术过程中拔除残根或者松动的牙齿，然后切除囊肿即可。