牙根发黑主要有以下几个原因，通过祛除病因进行治疗。牙周病。在牙根上附着很多龈下牙石，显的牙根发黑。如果有牙石可以采用刮治术刮除牙根表面的龈下牙石，进行牙龈或者牙周袋冲洗，局部外用药物，回家以后好好刷牙。色素沉着的病人常常是长期服用有颜色的食物或者液体，比如吸烟，长期喝浓茶、喝咖啡、喝可乐等，需要祛除病因，通过牙周治疗祛除附着色素。